ROBOT_DEMO: use higher sampling rate for accelerometer

ROBOT_DEMO: simplify MessageData types

ROBOT_DEMO: fix thread sync. problems better

Use ReentrantLock and ReentrantReadWriteLock for thread synchronization.

ROBOT_DEMO: simplify clearing screen

ROBOT_DEMO: fix sync. problems in publisher for "motion_speed"

Don't use synchronized(), because it may block the setSpeed() and prevent
receiving new data from accelerometer. The isSent variable is now used
to determine whether we need new data.

Add robot's IP address to the list of fellow managers.

ROBOT_DEMO: fix sync. problems in HokuyoView

Set new data only if the previous batch has been drawn and clone the newly
arrived data array. This prevents concurrent access problems when
the previous batch is being drawn on the UI thread and new data arrives
through ORTE's receive thread.

ROBOT_DEMO: set minimum separation for "hokuyo_scan"

Compensate for drawing artifacts. Set minSeparation to 0.18s.

ROBOT_DEMO: correct speed computation

Correct calculation of speed sent to motors when moving in reverse.

ROBOT_DEMO: MessageData clean up

JORTE: improve ByteOrder handling

Store the ByteOrder of MessageData's ByteBuffer in receive callback
structure in C (in case someone reuses already created MessageData instance
with new subscriber).

Force native byte order setting in publisher.

ORTE,JORTE: set byte order of ByteBuffer from receive callback

Pass data_endian in ORTERecvInfo structure and use it to set the byte order
of Java's ByteBuffer.

Revert "JORTE: add deserialize function to support endianness setting"

This reverts commit 683e5f61f3e7b6c1ade1b4910264d8f96781ade0.

Revert "ORTE: add support for param structure in TypeRegister"

This reverts commit 3ee9dd9cded871b38859b1881c4d98548f5b688e.

Revert "JORTE: switch from deserialize function to endianness callback"

This reverts commit fe36c69fd0d022fafc9acf3a51ca1ba780978f35.

Revert "ROBOT_DEMO: incorporate new TypeRegister handling"

This reverts commit f4af31a4b00c130eb5fb67fcc1012dd5d205ea7a.

Revert "ROBOT_DEMO: incorporate changes in ORTETypeRegisterAdd()"

This reverts commit 4e4e50c8a29fc3a2cf37d681e7f95b3d5e01d932.

ROBOT_DEMO: incorporate changes in ORTETypeRegisterAdd()

ROBOT_DEMO: incorporate new TypeRegister handling

JORTE: switch from deserialize function to endianness callback

Yesterday's attempt at setting the byte order of ByteBuffer through
a deserialize function has one significant drawback and that is if more
than one data type is defined under one VM instance (thus accessible by
other threads) and subscribers are then registered for these data types
the deserialize function will stop working correctly, because there are
no parameter structures being passed to it, except for the CDR_Codec,
thus it had to use a global reference to a byte buffer which is
unfortunately overwritten the moment a new data type is registered.
If the deserialize function for the previously registered data type
is invoked it then tampers with ByteBuffer settings of a newly registered
data type.

ORTE: add support for param structure in TypeRegister

This adds support for user defined callback function processEndianness()
with processParam structure being set at Type creation and passed
to processEndianness().

The processEndianness() function is called if defined and if there is no
deserialization function and thus no other way for the user application to
know the byte order of received issue.

JORTE: add deserialize function to support endianness setting

This adds implementation of deserialize function which sets proper byte
order for Java's ByteBuffer based on the received data's endianness.

Serialize function is not needed as long as the byte order of Java's
ByteBuffer is not manually changed from native byte order.

ROBOT_DEMO: remove DomainEvents

ANDROID: incorporate new domain events handling

JORTE: free() domain events

This fixes memory leak in jORTEDomainInitEvents() and removes unused code
from JOrte.java.

JORTE: fraction computation

Fix getDecimal() function.

JORTE: fix memory leak and add DomainEvents to DomainMgr

Memory leaks in jORTEDomainAppCreate() and jORTEDomainMgrCreate()
(domain events callback structure) are fixed. Domain events callbacks
are placed in a separate file. Their prototypes are placed in "jorte/
/jorte_protos_api.h". This way they could be used by DomainApp
and DomainMgr.

Native functions in both DomainApp.java and DomainMgr.java are now non-
static. This allows native domain destructor to free the memory allocated
to domain events callback structure.

It is now also possible to pass null for DomainEvents or DomainProp to
DomainApp and DomainMgr constructors.

The header file onLoad.h is removed and the findClass() prototype is placed
into "jorte/jorte_protos_api.h".

JORTE: add type casts

JORTE: remove unused variable and use TEST_STAGE for time

JORTE: update header files

Remove defines of UINT32__MIN and UINT32__MAX, because they are in the
<stdint.h> and UINT32__MAX is computed in a wrong way.

Make the HAVE_CONFIG_H hack Android specific and add extern "C" for C++
compatibility to onLoad.h

ANDROID: remove JORTEDomainStart.c from makefile

JORTE: remove unused code

Since the domain is started (receiving and sending threads) either by
calling ORTEDomainAppCreate() or ORTEDomainMgrCreate(), there is no need
to have DomainStart() on the Java side.

JORTE: remove unused code

JORTE: incorporate new application domain destruction into example

JORTE: call correct JNI function to get values from NtpTime class

Replace GetIntField() with GetLongField().

JORTE: fix the '2^32' problem and formatting in debug printf()

This fixes problems with wrong calculation of (2^32) on many occasions
both on the Java and the C side.

Many format strings for printf() are fixed. Display Host ID
and App ID in hexadecimal (as the ortemanager does).

JORTE: disable TEST_STAGE

ROBOT_DEMO: be less verbose

ROBOT_DEMO: completely rewritten

This adds complete rewrite of the demo application. Buttons are now removed
from views and are instead placed to a menu. At the start a domain manager
and an application domain are created under which every subscriber
and publisher is launched. Support for hokuyo_scan is added.

ANDROID: incorporate DomainProp changes

JORTE: simplify Manager destruction and remove unnecessary println()

JORTE: don't force application domain destruction

This prevents appDomain being destroyed along with publisher or subscriber.

JORTE: use abstract methods

JORTE: fix subscription destruction

Destroy subscription first, then destroy references to objects
in subscription callback. This prevents SEGFAULTs from the receiving
thread, that tries to save received instance to a non-existent object.
DeleteLocalReference was replaced with DeleteGlobalReference, since we are
destroying a global reference. This prevents dvmAbort() being called
on Android. This also fixes a memory leak (the ctx->msg reference was not
deleted).

JORTE: pass instance of MessageData to Java's receive callback

JORTE: don't use finalizers in Java classes

This replaces finalizers with explicit destroy() functions, because the
order in which objects with no reference in the VM are garbage-collected
is not guaranteed. This caused trouble with finalization of DomainApp
and Publisher (or Subscriber). If the DomainApp was destroyed before
the Publisher (or Subscriber) the Publisher's finalizer would have been
stuck (eventually leading to TimeoutException to be thrown).

JORTE: fix memory leak in jORTEDomainPropDefaultGet()

This fixes memory leak in jORTEDomainPropDefaultGet and removes some
unused code.

JORTE: switch to direct ByteBuffer

This commit significantly changes the way new issues are sent and received
both on the Java side and on the C side.

In the past there was one Java instance of HeapByteBuffer in the
MessageData class. ByteBuffer is used to perform serialization and
deserialization of received and sent issues in Java. It is compatible with
the CORBA standard that is used in the main ORTE library.

The HeapByteBuffer has one significant drawback. It allocates memory
on the heap managed by Java VM's garbage collector and when accessing
the backing array from C it has to copy the entire array to new space
in memory outside the VM. Added to that the backing array wasn't accessed
as an array object from the C code, but rather every byte from the Java
buffer was copied to a C byte array or vice versa (publisher x subscriber
part). This adds a lot of overhead (calling JNI functions to obtain new
values).

Instead the DirectByteBuffer is now used which allocates memory directly
(outside of Java VM) through malloc() and stores the pointer in such a way,
that it is easily accesible from C code using GetDirectBufferAddress,
that returns (void *). The Java part behaves much the same as normal
(Heap) ByteBuffer. The allocated byte array could be used like any other
C array and the VM ensures that the memory region allocated by direct
ByteBuffer is contiguous. This is very useful, because normal Java arrays
are not guaranteed to be contiguous which makes them difficult to handle,
because JNI functions must be called that make copies of them in a
contiguous space and that adds another overhead.

As a bonus the C code for both publisher and subscriber Java wrappers
is much shorter and simpler than it used to be.

JORTE: fix endianness the proper way

Use the GNU C compiler macro __BYTE_ORDER__ to set data_endian on the C
side and ByteOrder.nativeOrder() function to set ByteBuffer's order
in the MessageData class on the Java side.

ANDROID: correct return value

ROBOT_DEMO: add proper destructor in C version

ROBOT_DEMO: decrease CPU usage

Now there are 2 major threads on the Java side. The first one is main which
takes care of drawing GUI and receives callbacks from accelerometer.
The second one computes and sends values to the robot's motors.

JORTE: update required Java API version

ROBOT_DEMO: use Manager class instead of ortemanager binary

ANDROID: replace native binary ortemanager with Java class

This eliminates the need for binary ortemanager in assets/ folder
of projects that make use of this library.

NOTE: At current moment it is only possible to set IP addresses of fellow
managers.

JORTE: add basic Java domain manager

This adds basic Java manager. Currently it is only possible to set IP
addresses of fellow managers.

Merge branch 'android' of ssh://git@rtime.felk.cvut.cz/orte into robot

JORTE: use brackets around '^'

This avoids compiler warnings.

MANAGER: add a variable for triggered signal

This eliminates -Wnonnull warning during compilation.

JORTE: use correct format specifiers

ROBOT_DEMO: add robot demo for Android

Initial commit of robot demo for Android.

ANDROID: add support for Android

Add preliminary Android library.

Note: Current Android NDK doesn't allow libraries to have assets folder,
but we place the ortemanager in there. At current point it is necessary
for applications using this library to either manually copy the compiled
ortemanager over to their own assets folder or to create a symlink.

ORTE: Android hack - define HAVE_CONFIG_H

JORTE: alter sendCallBack

Alter the sendCallBack, so it doesn't scramble the sent instance.

MANAGER: prepare for Android

Android doesn't support sigwaitinfo, instead it offers only sigwait.
Since we don't use the information about which signal is being triggered
we can safely switch to sigwait.

JORTE: prepare for Android (fix class loader problems + add logging)

This fixes class loading problems on Android.

As per the Android Documentation (http://developer.android.com/training/articles/perf-jni.html#faq_FindClass):

Android's Dalvik VM uses the loader associated with the method
at the top of the interpreted stack, or if there isn't one
(because the thread was just attached), it uses the "system" class
loader, for FindClass calls.

To overcome this the JNI_OnLoad function is used. Any FindClass calls made
from there will happen in the context of the class loader used to load
the shared library. So from there one class that will always be present
in the JORTE Java package is chosen (org.ocera.orte.JOrte) and it's
class loader is stored as a global reference inside the VM (thus shared
by all processes attached to the VM) and as a static variable (accesible
only by functions from the onLoad.c file) on the C side.Also the findClass
and findLoadedClass method IDs are cached. To simplify the class loading
process inside C functions the findClass functions is written.

Android also doesn't implement the printf function. However it does have
a logging capability, so a variadic macro replacing occurences of printf
with __android_log_print is used.

JORTE: add 64-bit support

Store pointers to C objects in jlong (always 64-bit)
rather than in jint (always 32-bit).

JORTE: fix typo

Correct type conversions.

JORTE: fix inverted logic and add brackets

Fix inverted logic bug, that prevented proper native
thread detachment from Java VM.

JORTE: fix inverted logic

JORTE: attempt at fixing endianness problems

This is an attempt at fixing endianness problems
that occur when communicating with traditional ORTE
publishers/subscribers written in pure C.

JORTE: fix typo

JORTE: fix class name

JORTE: add const qualifier to function declarations

Add 0.3.3 release notes

Add .mailmap to generate nice shortlog

Put compiled ORTE manual to the distribution tarballs

Update Makefile.rules for OMK build to the actual version.

Documentation for OMK Make-System can be found at

  http://rtime.felk.cvut.cz/omk/

Signed-off-by: Pavel Pisa <pisa@cmp.felk.cvut.cz>

Remove pointer to OCERA_TOP_DIR, ORTE is used only as standalone in current projects.

Signed-off-by: Pavel Pisa <pisa@cmp.felk.cvut.cz>

doc: Add bookinfo

Update download instructions

doc: Restructure - split it to multiple chapters

doc: Update sizes of figures to have readable text

doc: Move API reference to the end

Update Makefile to properly generate documentation

Add sources of figures

Add documentation from  0.3.2 release tarball

Do not distribute autom4te.cache

Remove automatically generated file orte_config.h.in

Update version to 0.3.3 even in header files for OMK build.

Signed-off-by: Pavel Pisa <pisa@cmp.felk.cvut.cz>

Prepare for release

Bump version to 0.3.3

readme: Put compile/install section in front of Git specific sections

Update readme

Rename .cvsignore to .gitignore

idl: Generate (de)serialization functions for enum types

IDL: Fix *_(de)serialize macros for typedefed types

These macros had a wrong number of parameters, which resulted in
compilation errors.

Zero mreq structure before using it

There might be unset fields in mreq structure. This structure is
used to setup multicast group membership.

We have problem with multicast on MPC5200-based boards and this was an
unsuccessful attempt to solve the problems.

Report correct errno in case of multicast problem

Fix for gcc-4.4

The Shape Demo is now optional part of OMK build.