Correct OMK build to compile ORTE manager by default.

Signed-off-by: Pavel Pisa <pisa@cmp.felk.cvut.cz>

One more fix in OMK rules - work around strange behavior of $(dir) function

OMK Makefile.rules: Don't use GNU specific cmp and install options to allow build on FreeBSD based systems.

Rules are updated from OMK project main version at

  https://rtime.felk.cvut.cz/omk/

Signed-off-by: Pavel Pisa <pisa@cmp.felk.cvut.cz>

Update OMK makefiles and rules

Omit "byteswap.h" from pre-configured OMK Linux build.

The CDR and rest of the ORTE code uses open-codded ORTE provided
rtps_byteswap function. Build environment provided byteswap
functions are not utilized in the actual ORTE setups.
They could result in better optimized code in future but
attempt to include "byteswap.h" is  probably the last blocker
to use Linux pre-configured ORTE on RTEMS, BSD and BlackBerry.
So comment out HAVE_BYTESWAP_H for now.

Signed-off-by: Pavel Pisa <pisa@cmp.felk.cvut.cz>

Shape Demo: add option to select right libraries for BlackBerry build.

ORTE code tested on BlackBerry thanks to Fanda Vacek
provided help and testing on his device.

Signed-off-by: Pavel Pisa <pisa@cmp.felk.cvut.cz>

OMK build: move linker specification of pthread library to separate variable TARGET_LOADLIBES.

This allows to override libraries list suitable for the Linux
build by other target OS specific list of the libraries.
I.e. the explicit "pthread" library specification is blocker
for QNX/BlackBerry build because POSIX threads are included
in stadartd library. On the other hand BSD networking "socket"
library has to be specified explicitly. Another difference
is missing "byteswap.h" header file (undef HAVE_BYTESWAP_H).

Signed-off-by: Pavel Pisa <pisa@cmp.felk.cvut.cz>

JAVA ORTE: update classic OMK JAVA ORTE build to support new Makefile.rules.

Signed-off-by: Pavel Pisa <pisa@cmp.felk.cvut.cz>

Fix most of warnings reported by GCC 4.7 on x86_64 and GCC 4.8.1 RTEMS ARM based systems.

Signed-off-by: Pavel Pisa <pisa@cmp.felk.cvut.cz>

ORTE: fix compiler warning

This allows compilation with Android NDK r9
(treats some warnings as errors).

ANDROID: add instructions to build

ANDROID: allow compilation from command line add new orte_config.h

This allows compilation of native code with ndk-build and of Java part with
ant.

JORTE: fix incompatible pointer type compiler warnings

Android's AttachCurrentThread() implementation differs from Oracle's.
In Android the prototype is:
  jint (*AttachCurrentThread)(JavaVM*, JNIEnv**, void*);
In Oracle's Java:
  jint (JNICALL *AttachCurrentThread)(JavaVM *vm, void **penv, void *args);

Android expects JNIEnv** pointer, whereas Java expects void** pointer
to per thread environment structure.

ANDROID: fix for NDK r9

Remove LOCAL_LDLIBS since it is ignored for
static libraries.

ROBOT_DEMO: release correct wakelock

ROBOT_DEMO: minor fixes

ROBOT_DEMO: minor changes to UI

ROBOT_DEMO: allow managers setup without restart

ROBOT_DEMO: fix wake lock and revert speed computation change

ROBOT_DEMO: handle wifi/wake locks better

Acquire them only when needed and release otherwise.

ROBOT_DEMO: add check boxes to menu items and make the managers dialog alive

ROBOT_DEMO: change About dialog

ROBOT_DEMO: change ratio for speed computation

JORTE: add new constructor to Manager class

ROBOT_DEMO: add Dialog to set-up fellow managers

ANDROID: set min. Android version to 2.3.3

ROBOT_DEMO: add launcher icon for LDPI and change minSdkVersion to 10

Min. Android version is now 2.3.3.

ROBOT_DEMO: unify Dialog appearance

ROBOT_DEMO: add basic low-pass filter

Add basic low-pass filter for motion_speed publisher.

Change CTU logo size.

ROBOT_DEMO: add "About" dialog

ROBOT_DEMO: make use of WifiLock and modify WakeLock

Modify WakeLock, so that when acquired on activity start, it wakes up
the phone if then screen was already dimmed or switched off.

Add WifiLock to improve network latency and overall responsiveness.
This solves issues with slow and unreliable Publisher-Subscriber
communication.

Add margins to the CTU logo.

ROBOT_DEMO: change name to RoboDruid and add CTU logo

ANDROID: build for all ABIs supported by the NDK

Currently supported ABIs are:

armeabi - ARMv5te and higher
armeabi-v7a - ARMv7
mips
x86

ROBOT_DEMO: use Flamingos logo as launcher icon

ROBOT_DEMO: add more IP addresses to ORTE manager's list

ROBOT_DEMO: change lift to crane

JORTE: add wrapper for ORTESubscriptionPull() and revert ORTEDomainStart() removal

ROBOT_DEMO: add publishers for "crane_cmd" and "magnet_cmd"

ROBOT_DEMO: limit HOKUYO range

ROBOT_DEMO: implement voltage monitor

ROBOT_DEMO: prepare for voltage monitor

Add dialog for voltage monitor.

ROBOT_DEMO: add motion speed subscriber

Add motion speed monitor.

ROBOT_DEMO: draw scale in HokuyoView

ROBOT_DEMO: fix starting index and inverted logic

ROBOT_DEMO: scale HOKUYO view to fit the screen

ROBOT_DEMO: screen orientation for motion control

Force portrait screen orientation when motion control (motion_speed)
is active.

ROBOT_DEMO: enable screen rotation

ROBOT_DEMO: use higher sampling rate for accelerometer

ROBOT_DEMO: simplify MessageData types

ROBOT_DEMO: fix thread sync. problems better

Use ReentrantLock and ReentrantReadWriteLock for thread synchronization.

ROBOT_DEMO: simplify clearing screen

ROBOT_DEMO: fix sync. problems in publisher for "motion_speed"

Don't use synchronized(), because it may block the setSpeed() and prevent
receiving new data from accelerometer. The isSent variable is now used
to determine whether we need new data.

Add robot's IP address to the list of fellow managers.

ROBOT_DEMO: fix sync. problems in HokuyoView

Set new data only if the previous batch has been drawn and clone the newly
arrived data array. This prevents concurrent access problems when
the previous batch is being drawn on the UI thread and new data arrives
through ORTE's receive thread.

ROBOT_DEMO: set minimum separation for "hokuyo_scan"

Compensate for drawing artifacts. Set minSeparation to 0.18s.

ROBOT_DEMO: correct speed computation

Correct calculation of speed sent to motors when moving in reverse.

ROBOT_DEMO: MessageData clean up

JORTE: improve ByteOrder handling

Store the ByteOrder of MessageData's ByteBuffer in receive callback
structure in C (in case someone reuses already created MessageData instance
with new subscriber).

Force native byte order setting in publisher.

ORTE,JORTE: set byte order of ByteBuffer from receive callback

Pass data_endian in ORTERecvInfo structure and use it to set the byte order
of Java's ByteBuffer.

Revert "JORTE: add deserialize function to support endianness setting"

This reverts commit 683e5f61f3e7b6c1ade1b4910264d8f96781ade0.

Revert "JORTE: switch from deserialize function to endianness callback"

This reverts commit fe36c69fd0d022fafc9acf3a51ca1ba780978f35.

Revert "ROBOT_DEMO: incorporate new TypeRegister handling"

This reverts commit f4af31a4b00c130eb5fb67fcc1012dd5d205ea7a.

Revert "ROBOT_DEMO: incorporate changes in ORTETypeRegisterAdd()"

This reverts commit 4e4e50c8a29fc3a2cf37d681e7f95b3d5e01d932.

ROBOT_DEMO: incorporate changes in ORTETypeRegisterAdd()

ROBOT_DEMO: incorporate new TypeRegister handling

JORTE: switch from deserialize function to endianness callback

Yesterday's attempt at setting the byte order of ByteBuffer through
a deserialize function has one significant drawback and that is if more
than one data type is defined under one VM instance (thus accessible by
other threads) and subscribers are then registered for these data types
the deserialize function will stop working correctly, because there are
no parameter structures being passed to it, except for the CDR_Codec,
thus it had to use a global reference to a byte buffer which is
unfortunately overwritten the moment a new data type is registered.
If the deserialize function for the previously registered data type
is invoked it then tampers with ByteBuffer settings of a newly registered
data type.

JORTE: add deserialize function to support endianness setting

This adds implementation of deserialize function which sets proper byte
order for Java's ByteBuffer based on the received data's endianness.

Serialize function is not needed as long as the byte order of Java's
ByteBuffer is not manually changed from native byte order.

ROBOT_DEMO: remove DomainEvents

ANDROID: incorporate new domain events handling

JORTE: free() domain events

This fixes memory leak in jORTEDomainInitEvents() and removes unused code
from JOrte.java.

JORTE: fraction computation

Fix getDecimal() function.

JORTE: fix memory leak and add DomainEvents to DomainMgr

Memory leaks in jORTEDomainAppCreate() and jORTEDomainMgrCreate()
(domain events callback structure) are fixed. Domain events callbacks
are placed in a separate file. Their prototypes are placed in "jorte/
/jorte_protos_api.h". This way they could be used by DomainApp
and DomainMgr.

Native functions in both DomainApp.java and DomainMgr.java are now non-
static. This allows native domain destructor to free the memory allocated
to domain events callback structure.

It is now also possible to pass null for DomainEvents or DomainProp to
DomainApp and DomainMgr constructors.

The header file onLoad.h is removed and the findClass() prototype is placed
into "jorte/jorte_protos_api.h".

JORTE: add type casts

JORTE: remove unused variable and use TEST_STAGE for time

JORTE: update header files

Remove defines of UINT32__MIN and UINT32__MAX, because they are in the
<stdint.h> and UINT32__MAX is computed in a wrong way.

Make the HAVE_CONFIG_H hack Android specific and add extern "C" for C++
compatibility to onLoad.h

ANDROID: remove JORTEDomainStart.c from makefile

JORTE: remove unused code

Since the domain is started (receiving and sending threads) either by
calling ORTEDomainAppCreate() or ORTEDomainMgrCreate(), there is no need
to have DomainStart() on the Java side.

JORTE: remove unused code

JORTE: incorporate new application domain destruction into example

JORTE: call correct JNI function to get values from NtpTime class

Replace GetIntField() with GetLongField().

JORTE: fix the '2^32' problem and formatting in debug printf()

This fixes problems with wrong calculation of (2^32) on many occasions
both on the Java and the C side.

Many format strings for printf() are fixed. Display Host ID
and App ID in hexadecimal (as the ortemanager does).

JORTE: disable TEST_STAGE

ROBOT_DEMO: be less verbose

ROBOT_DEMO: completely rewritten

This adds complete rewrite of the demo application. Buttons are now removed
from views and are instead placed to a menu. At the start a domain manager
and an application domain are created under which every subscriber
and publisher is launched. Support for hokuyo_scan is added.

ANDROID: incorporate DomainProp changes

JORTE: simplify Manager destruction and remove unnecessary println()

JORTE: don't force application domain destruction

This prevents appDomain being destroyed along with publisher or subscriber.

JORTE: use abstract methods

JORTE: fix subscription destruction

Destroy subscription first, then destroy references to objects
in subscription callback. This prevents SEGFAULTs from the receiving
thread, that tries to save received instance to a non-existent object.
DeleteLocalReference was replaced with DeleteGlobalReference, since we are
destroying a global reference. This prevents dvmAbort() being called
on Android. This also fixes a memory leak (the ctx->msg reference was not
deleted).

JORTE: pass instance of MessageData to Java's receive callback

JORTE: don't use finalizers in Java classes

This replaces finalizers with explicit destroy() functions, because the
order in which objects with no reference in the VM are garbage-collected
is not guaranteed. This caused trouble with finalization of DomainApp
and Publisher (or Subscriber). If the DomainApp was destroyed before
the Publisher (or Subscriber) the Publisher's finalizer would have been
stuck (eventually leading to TimeoutException to be thrown).

JORTE: fix memory leak in jORTEDomainPropDefaultGet()

This fixes memory leak in jORTEDomainPropDefaultGet and removes some
unused code.

JORTE: switch to direct ByteBuffer

This commit significantly changes the way new issues are sent and received
both on the Java side and on the C side.

In the past there was one Java instance of HeapByteBuffer in the
MessageData class. ByteBuffer is used to perform serialization and
deserialization of received and sent issues in Java. It is compatible with
the CORBA standard that is used in the main ORTE library.

The HeapByteBuffer has one significant drawback. It allocates memory
on the heap managed by Java VM's garbage collector and when accessing
the backing array from C it has to copy the entire array to new space
in memory outside the VM. Added to that the backing array wasn't accessed
as an array object from the C code, but rather every byte from the Java
buffer was copied to a C byte array or vice versa (publisher x subscriber
part). This adds a lot of overhead (calling JNI functions to obtain new
values).

Instead the DirectByteBuffer is now used which allocates memory directly
(outside of Java VM) through malloc() and stores the pointer in such a way,
that it is easily accesible from C code using GetDirectBufferAddress,
that returns (void *). The Java part behaves much the same as normal
(Heap) ByteBuffer. The allocated byte array could be used like any other
C array and the VM ensures that the memory region allocated by direct
ByteBuffer is contiguous. This is very useful, because normal Java arrays
are not guaranteed to be contiguous which makes them difficult to handle,
because JNI functions must be called that make copies of them in a
contiguous space and that adds another overhead.

As a bonus the C code for both publisher and subscriber Java wrappers
is much shorter and simpler than it used to be.

JORTE: fix endianness the proper way

Use the GNU C compiler macro __BYTE_ORDER__ to set data_endian on the C
side and ByteOrder.nativeOrder() function to set ByteBuffer's order
in the MessageData class on the Java side.

ANDROID: correct return value

ROBOT_DEMO: add proper destructor in C version

ROBOT_DEMO: decrease CPU usage

Now there are 2 major threads on the Java side. The first one is main which
takes care of drawing GUI and receives callbacks from accelerometer.
The second one computes and sends values to the robot's motors.

JORTE: update required Java API version

ROBOT_DEMO: use Manager class instead of ortemanager binary

ANDROID: replace native binary ortemanager with Java class

This eliminates the need for binary ortemanager in assets/ folder
of projects that make use of this library.

NOTE: At current moment it is only possible to set IP addresses of fellow
managers.

JORTE: add basic Java domain manager

This adds basic Java manager. Currently it is only possible to set IP
addresses of fellow managers.