Implement random generation of configurations

Configuration are generated with random assumptions. This should
generate different configuration for every SAT solver execution.

Catch NoApplicableConfiguration exception in prepare thread

Fix wrong configuration reading from database

Fix bug in configurations loading

Loading configuration load all configuration options as True.

Fix problem with wrongly printed first line in CNF file

Fix if generated existing configuration

When some generator tries to register already generated solution, it
shouldn't be registered.

Fix bug in configuration.py

Type inserted to method is str, but threated as int.

Add measure tool desription to database

Change hash calculating function

Previous method of calculating hash wasn't work (wouldn't give same
result for same configuration) if there would be added
new configuration options to hashconfigsort file.

Change default database configuration

Database configuration was set as it was used during development and
testing. Changed to some of default not usable values.

Single configuration generation ensured to generate only single
configuration per execution

Fix link error

Creation of link to linux image wasn't done right.
Outcome was, wrong path in link.

Ignore any exception raised while parsing output of boot output

Any exception raised from user script, that should parse boot command output, should be ignored.
If fails, no value is written to database.

Add generator identifier to configuration in database

This identifier is for recognition what generator generated specified configuration as first.

Fix shell incompatibility script construct

Change password authentication method to database

.pgpass file has to be allowed in configuration. Using environment variable is more platform independent.

Scripts changed to use database.

Also initial implementation of multithread execution.

A lot of functionality changed.
Phases removed.
Output parsing is now part of measure (boot) process.
Utils cleared.
Add dot_measure file for inverted dot_config.
Configuration generating is now prepared for multiple generating types. Fist implemented is generating configurations with single selected configuration.

Test is modified to be compatible with new changes.

Change root Makefile

Add check for recursive makefile calls.
Also add removing of dot_config to clean_measure target.
run and initialize now requires all target. This allow dependency on all programs not only selected. This is done for simplification.

Add database table linuxgit and fix prepare sql command

Allconfig add inv option

Added inv option for generating inverted configurations.
Inverted configuration contains configuration options that are not in original configuration file.

kernel.make is now copying linux image to jobfile folder

And make now returns name of image.

kernel.config rewritten to use utils.callsubprocess and support new implementation of write_config

Also unused function config_noprogram commented.

Adding targets in root makefile

Part of the initialize target should be also initialization of database.

Target distclean should clean project to state as it is in git repository.

Ignore configurations folder

Remove unused function from utils

build_conf_map is not used anywhere. And plan is to change files with which it works. So it doesn't have any sense to keeping it there or even rewriting it.

Change log files position

Log files won't be in only one folder. Every program have its own folder.

Fix big amount of bugs in recently commited code

Recently committed code wasn't tested, because most of the required infrastructure wasn't yet written.
So bugs must be fixed after more parts of system are reimplemented.

Rewrite write_config

Write config don't need to load jobfiles any more.
We only have to load file passed via argument and save using kconfig code.

Configuration checking is disabled. It needs more editing.

Rewrite configuration script

THIS MAKES SCRIPT INCONSISTENT AND PROJECT IS NOT WORKING UNTIL OTHER COMMIT MESSAGE SAYS OTHERWISE.
Configurations are now generated to separated folder and have syntax compatible with linux configuration files.
This way applying new configuration is not necessary.
Also script is now communicating with database.
Functions are prepared for multiple different generating possibilities.

Also configuration generation is removed from initialize script.

Fix bugs in initialise script

Added missing import.
Every folder creation must have it's own exception block.
Removed additional import of exceptions.

Remove unused configurations

These configuration were left here probably by mistake after deleting code for which they were used.

Return timestamp to subprocess execution log

When script is running, this function could be executed multiple times in same second.
If it would happen, it wouldn't be easy find where starts which execution.

Add dot_config target to root Makefile

allconfig is used for generating full configuration.
In default is this file expected in root project directory with name dot_config.
User should remove configuration options that should be measured.
So dot_config file should contains only configuration options with fixed value.

Change logging method

Now every execution is in separated file.
Also logging folder creation moved from callprocess tto initialize.base

Rename solution script to configurations

New name more better resembles what script does.

Remove permute_conf

permute_conf was only temporally program for generating dot_config file.
Its main function now has program allconfig.
This program has also some text interface, but it wasn't optimal and in the end wasn't used at all.

Add database initialisation check

On object creation, when connection to server is established, is now implemented check if database has all tables as it should have.

Makefile configuration is now automatically generated and more changes

Makefile configuration file is now generated automatically and contains all
string config options.

Separated tables drop from databaseinit.sql to file databaseclean.sql.

Also add clean and init target for database.
For this reason is also separated output and result from normal clean.
From now on won't be results removed on standard clean.

ARCH config variable is renamed to kernel_arch to make name more clear.

Implemented database

Database will be used for storing measured data.

Fix gen_required config source check

Integrate allconfig

allconfig is now integrated in project.
It is going to replace permute_conf for generating.
For this reason is default behaviour changed to print only changeable configurtaion options.
Previous behaviour can be used with --all switch.

Also add .gitignore and remove compiled file from repository.

Remove possibility of generating next solution in loop.

Only possibility now is generating all solutions on initialisation.
Remove solution generating phase.

Simplify parse_kconfig generated CNF formulas

Not isn't now generated using additional variable.
All head formulas for all configuration options are now printed directly as formulas. Not build using functions.

Add simple bash script to remove configs options from full configuration

Options are removed if they are found in selected folder (variable FOLDER).

Add small program for generating complete configuration

This program generates complete configuration.
Written because permute_conf is only writing out configs that are chargeable.

Add rootfs configuration for cyclictest

Makefile fix distclean target

Fix problem with swapped columns numbering

Add simple readme

Rename program permute to permute_conf

Add license

Fix problem of cleaning scripts/nbscript

Document conf.py and remove spare variable SRCARCH

Fix evaluate script

Add multiple bases support

Add base reduction for evaluate

Fix Makefile clean

Make nbscript not generated

Set root Makefile to start evaluate script

Fix NoAppliableSolution in loop and changed looping phase

Divide evaluete script to functions

Implement evaluate

Add result folder to .gitignore

Rewrite write_config solution check and fix apply

solution.apply failed in case of last solution.

Fix error in utils script

Fix error in solution apply

Fix solution generation in case of gen_all_solution_oninit

Ezecute initialize parse_kconfig only in case of missing files

Add dot_config to gitignore

Fix booting process and test target

Test target wasn't working properly. Now it should work.

Clean makefile and remove dependency on buildroot initram

Removing dependency can lead to problems.
But if buildroot should not be forced for possible alternatives.

Fix problems with permute

Permute should now reading and loading configurations right.
In case of configuration change, forces save.

Fix problems with configurations genration

Add mpermute target for executing command permute

Add kernel_env setting

Swap some lines in conf.py

Fix conf.py

Fix ARCH env variable

Fix env

Add initialize messages and initialize sourcing from dot_config not from linux/.config

Add saving and loading of dot_config file in permute program

Fix buildroot Makefile dependency

permute fix makefile

Add permute to root Makefile

Rename setpermute to permute

Add initial implementation of setpermute

Add implementation of  hash indexing of configurations

Add gitignores

Rename build folder to jobfiles

Add generation of all solutions in initialization phase

Add possibility of calling pahe_set from outside of loop.py

Add Makefile initialize dependencies

Fix some comments and if in solution

These changes were forgotten after change from minisat to picosat

Add label for debugging configs

Add PHONY targets

Change message in generated nbscript

Move buildroot configs in conf.py

Separate initialisation

Initialisation now can be executed without loop it self.

Remove automatic initram build

Not initram must be set and created manually by user.

Move buildroot submodule