Rename ryuglab target folder cyclictest to boot

Boot configuration it this folder wasn't usable only just for
cyclictest, but for any test. So new name is more descriptive.

Add linux for target ryuglab

Added dirty repository check

Test run and initialization now shows warning about dirty repository
and loop can't be executed if linux or root repository is dirty.

Fix wrong input format to database

add_measure in boot script was called with list of lines instead of
single string.

Fix utils.callsubprocess stdin

Fix boot.py parse call

Add git ignore for links

While booting are created links to upper folders. These links should be
ignored from git.

Print command and version to boot output

Fix boot output parse script

Add message about what configuration is measured

Remove unused atribute for parse script call

Fix type exception in kernel.config

As name was given tempfile object no name of generated temporally file.

Remove configuration folder creation from initialization

This folder is no longer used and shouldn't be created.

Store boot output to database

Because configuration is now stored in database only missing
informations to make database fully descriptive is boot output. This
makes output of boot command to be saved to database and not to file.

Also parse script should read input from stdin and not from file from
argument.

Fix wrong exception excepted in configurations script

Write stderr to log file together with stdout

Utils function callsubprocess now logs all program output including
stderr.
Convenient would be to print stderr even if output is disabled. But
this would probably required threads.

Fix relative path to external buildroot packages

ryuglab boot force links

Change patch apply for ryuglab

Patch is now added directly as commit.

Fix database get_configsort

Previous implementation was returning list of tuples. Now it is
returning list of strings.

Fix database add_configsort

No attribute supplied when executed sql command.

Generate configuration as ditionary in picosat function

Picosat output is parsed and automatically is resolved to dictionary
with configuration option name as key and boolean value. This makes all
configurations in script of same type. All are dictionaries this way.

Add drop command for configopt table

This table was recently added, but was missing in databaseclean.sql.

Set distclean to not dropping database

Database is separated from project. It should be cleaned automatically
because of saving data.

Fix bug in wrong input type to CNF file generator

This caused that instead of multiple numbers was parsed only one number
including every single number character as separated number. Because of
this was generated wrong CNF file and sometimes if zero was in number
picosat failed with error.

Fix kernel temporally file removal

Temporally file generated in kernel script during configuration
applying wasn't closed/remove after end of usage.

Fix missing setting of kernel_env variable in ryglab target config

Generated configuration is now fully stored to database

Managing configurations in files and in database could cause
inconsistence. Adding all generated configurations to database allow us
to clean project files without loosing data.

Change location for rootfs of tests

Now every test should have its own folder with rootfs and parse script.

Change execute folder for boot

Folder in which novaboot is called is now same as nbscript. Binaries
are linked to this folder from upper folders.

Add etherwake to boot command

Fix relative path to .target file

.target file should load always from root folder of project to ensure,
that all tools in project are targeting same target.

Set configuration back do default and add overlap

Configuration is set back as it was before previous merge on branch
master.

Configurations for targets can be specified by overlapping
configuration options with external config.

Set configuration back do default

Configuration is set back as it was before previous merge on branch
master.

Merge branch 'measuring'

Removing measuring branch. Idea was to make measuring configuration
separate from master. But keeping changes in master and measuring
branch consistent was pain.

Fix configuration generation missing file exception

If generating single throw NoSolution exception, randomly generated CNF
file is removed. But finally statement tries to remove it once again.
Solution is to not remove CNF file in exception handling, but only by
finally statement.

Remove parse_kconfig from test run

Executing parse_kconfig in test run makes no sense and takes to much
time.

Fix wrong path to patch in patch script

Remove duplicate variable in conf.py

This duplication was created probably by merging.

Merge branch 'master' into measuring

Pull generate_single fix.

Fix single_generated_file writeback

measure_list containst ints. But method writelines can only be used with
strings.

Merge branch 'master' into measuring

 Conflicts:
conf.py
scripts/configurations.py

Fix generate single configuration

This fixes and ensures that every call generates configuration. Unless
False is returned.

Fix thread cooperation in loop

Measure function requires img and config as atributes. But only config
was provided.

Fix thread cooperation in loop

Measure function requires img and config as atributes. But only config
was provided.

Implement random generation of configurations

Configuration are generated with random assumptions. This should
generate different configuration for every SAT solver execution.

Implement random generation of configurations

Configuration are generated with random assumptions. This should
generate different configuration for every SAT solver execution.

Catch NoApplicableConfiguration exception in prepare thread

Fix wrong configuration reading from database

Fix bug in configurations loading

Loading configuration load all configuration options as True.

Fix problem with wrongly printed first line in CNF file

Fix if generated existing configuration

When some generator tries to register already generated solution, it
shouldn't be registered.

Fix bug in configuration.py

Type inserted to method is str, but threated as int.

Add measure tool desription to database

Change hash calculating function

Previous method of calculating hash wasn't work (wouldn't give same
result for same configuration) if there would be added
new configuration options to hashconfigsort file.

Change hash calculating function

Previous method of calculating hash wasn't work (wouldn't give same
result for same configuration) if there would be added
new configuration options to hashconfigsort file.

Enable multithreating execution

Remove init cli argument for kernel

This argument was already removed by previous commit, but probably with
some merge it come back.

Catch NoApplicableConfiguration exception in prepare thread

Fix wrong configuration reading from database

Change folder to kernel

As first will be measured only konfiguration options in kernel folder.

Fix bug in configurations loading

Loading configuration load all configuration options as True.

Fix problem with wrongly printed first line in CNF file

Remove debud output of generated configuration

Hide output of all commands

Fix if generated existing configuration

When some generator tries to register already generated solution, it
shouldn't be registered.

Fix bug in configuration.py

Type inserted to method is str, but threated as int.

Single configuration generation ensured to generate only single
configuration per execution

Change default database configuration

Database configuration was set as it was used during development and
testing. Changed to some of default not usable values.

Single configuration generation ensured to generate only single
configuration per execution

Add measure tool desription to database

Change master version to v0.92 of rt-tests

Add parse_script

Parsing maximal value from first thread as result.

Fix boot and build scripts

Remove init atribut from boot_script. It is not usable when system using
/init as default.

Build script is moved for ryuglab target. Root build script is now
pointing to right location.

Set cyclictest exectuion

Also used external package to buildroot for rt-tests to use latest
master version.

Remove script for generating configuration

Also folder measure_scripts renamed to ryuglab_scripts to signalize for
what target are those scripts.

Add default config for ryuglab target

Move target specification from boot_script back to .novaboot file

Fix .gitignore in folder root/cyclictest/

Git was ignoring files in overlay folder

Fix boot problems

Now cyclictest should be bootable.

Add default novaboot target for measuring

Add default_config and cyclictest novaboot

Add inittab and script

Add boot_command

Fix boot_command

Added novaboot call directly. nbscript is not executable.

Fix linux image name

Fix path bug

Add build_script

Add external scripts and set boot configuration

Change measuring architecture

Set conf.py and nbscript for measurement

Fix link error

Creation of link to linux image wasn't done right.
Outcome was, wrong path in link.

Ignore any exception raised while parsing output of boot output

Any exception raised from user script, that should parse boot command output, should be ignored.
If fails, no value is written to database.

Add generator identifier to configuration in database

This identifier is for recognition what generator generated specified configuration as first.

Fix shell incompatibility script construct

Change password authentication method to database

.pgpass file has to be allowed in configuration. Using environment variable is more platform independent.

Scripts changed to use database.

Also initial implementation of multithread execution.

A lot of functionality changed.
Phases removed.
Output parsing is now part of measure (boot) process.
Utils cleared.
Add dot_measure file for inverted dot_config.
Configuration generating is now prepared for multiple generating types. Fist implemented is generating configurations with single selected configuration.

Test is modified to be compatible with new changes.

Change root Makefile

Add check for recursive makefile calls.
Also add removing of dot_config to clean_measure target.
run and initialize now requires all target. This allow dependency on all programs not only selected. This is done for simplification.

Add database table linuxgit and fix prepare sql command

Allconfig add inv option

Added inv option for generating inverted configurations.
Inverted configuration contains configuration options that are not in original configuration file.