Fix commit ad69a1

Execute checkmeasure only once

Fix bug described in commit 5ef685

Ignore decode error from subprocess

Potential fix of wrong input data format exception

Disable multithreading for ryuglab target

Multithreading is problematic and needs fixing. So again it is disabled
for measuring purposes.

Fix list of fixed configurations for ryuglab target

In list of fixed configuration options was option PREEMPT_RT_FULL
listed with CONFIG_ prefix.

Clean repository

Remove some unused files.

Move buildroot submodule to script folder

Novaboot, picosat,... are in script directory. Only buildroot was in
root directory.

Fix target/ryuglab/linux submodule

We expect to use realtime branch, but master was committed to git.

Add scripts buildcnf

This script is for debugging purposes only. It should be launched only
in jobfiles folder and it's generating file cnf.

Update submodule target/ryuglab/linux

New commit contains new configuration, that will be used for measuring
kernel folder configuration options.

Add measurable check while initialization

Some configurations options can't be measured. While initialization are
detected and warning is printed.

Fix parse_kconfig symbol default

Generated rules for symbols default values was used without information
about their order. Kconfig documentation specifies that only first
valid default value specification should be used.

Remove image after measurement

Image should be removed after it was measured. Otherwise Linux images
are piling up in jobfolder.

Enable multithreading for ryuglab target

Fix multithreading

When multithreading was enabled, same configuration could been build
multiple times. Adding list of built configurations and filtering list
of configurations sourced from database solves this problem. Now script
is aware of configurations that was prepared and not yet been measured.

Export int values to conf.mk

Generated configuration file for makefile did not contain int values.
But they were used. This is new feature but also fix.

Add makefile target psql

This new target allows direct access to database wit parameters set in
conf.py and conf.py of selected target. This is simple fast access to
database.

Change boot to execute only one scripts

Boot is now executing only lcpinit script. /init scripts is not used
during measurements. Booting without boot script, only using novaboot
scripts, results in using /init script. This helps to access cli in
booted machine without editing any files.

Fix empty temporally file for config generation

Generated temporally configuration file was read.

Fix parse_kconfig choice parsing

Parsing choices was implemented wrong. For non-optional choice output
rules must contain also dependency of all choice symbols. Because if no
choice symbol has fulfilled dependencies, than choice shouldn't be
selected.

Fix fromfolder script

Script ended with exception when no file with list of non-remove
configuration options was provided.

Reimplement fromfolder script

Removing configuration options from configuration file according to
definition folder. New implementation allows to specify required
configuration options that shouldn't be removed in any case.

Ryuglab target update linux

Setup Linux of ryuglab to realtime branch.

Fix terminate variable for single thread mode

Latest changes for multithreading broke single thread mode.

Disable multithread for ryuglab target

Multithreading is not working properly yet. So it won't be used for
active measuring.

Use event for thread synchronization in multithread mode

Fix thread alive check

Add print to signal thread start and stop in multithread mode

Fix multithread locking and terminating

Fix configuration generation

Fix multithreading

Fix random configuration generator

Picosat is as default using 0 as seed for random generator. This lead
on same configuration every time.

Add dependency to .conf.mk on .target in Makefile

If .target file is changed (=target changed), makefile configuration
should been regenerated.

Fix wrong function call in configurations script

Add boot timeout

Boot process should timeout after selected number of seconds if no
output is generated. This allows resolving some problems with possible
boot stuck.

Fix wrong input type to compare_text in register_conf

Fix missing utils include in loop.py

Update ryuglab target linux

Remove linux module

This modules is no longer used. It is expected that every target will
have it's own linux target.

Change makefile linux paths to configured Linux source path

Also remove unused buildroot targets

Remove unused conf variables

Some variables were no longer used or with current settup system made
no sence.

Move boot and remove compile script

Compile script is not required if we use GNUmakefile.
Holding script folder only because of boot script makes no sense.

Update linux for ryuglab target

Fix build command for ryuglab target

Fix missing include in test script

Fix wrong folder and remove unused script

In boot script was old name usable before previous commit.
Also patch script removed This script is no longer required, because
path is applied in submodule.

Rename ryuglab target folder cyclictest to boot

Boot configuration it this folder wasn't usable only just for
cyclictest, but for any test. So new name is more descriptive.

Add linux for target ryuglab

Added dirty repository check

Test run and initialization now shows warning about dirty repository
and loop can't be executed if linux or root repository is dirty.

Fix wrong input format to database

add_measure in boot script was called with list of lines instead of
single string.

Fix utils.callsubprocess stdin

Fix boot.py parse call

Add git ignore for links

While booting are created links to upper folders. These links should be
ignored from git.

Print command and version to boot output

Fix boot output parse script

Add message about what configuration is measured

Remove unused atribute for parse script call

Fix type exception in kernel.config

As name was given tempfile object no name of generated temporally file.

Remove configuration folder creation from initialization

This folder is no longer used and shouldn't be created.

Store boot output to database

Because configuration is now stored in database only missing
informations to make database fully descriptive is boot output. This
makes output of boot command to be saved to database and not to file.

Also parse script should read input from stdin and not from file from
argument.

Fix wrong exception excepted in configurations script

Write stderr to log file together with stdout

Utils function callsubprocess now logs all program output including
stderr.
Convenient would be to print stderr even if output is disabled. But
this would probably required threads.

Fix relative path to external buildroot packages

ryuglab boot force links

Change patch apply for ryuglab

Patch is now added directly as commit.

Fix database get_configsort

Previous implementation was returning list of tuples. Now it is
returning list of strings.

Fix database add_configsort

No attribute supplied when executed sql command.

Generate configuration as ditionary in picosat function

Picosat output is parsed and automatically is resolved to dictionary
with configuration option name as key and boolean value. This makes all
configurations in script of same type. All are dictionaries this way.

Add drop command for configopt table

This table was recently added, but was missing in databaseclean.sql.

Set distclean to not dropping database

Database is separated from project. It should be cleaned automatically
because of saving data.

Fix bug in wrong input type to CNF file generator

This caused that instead of multiple numbers was parsed only one number
including every single number character as separated number. Because of
this was generated wrong CNF file and sometimes if zero was in number
picosat failed with error.

Fix kernel temporally file removal

Temporally file generated in kernel script during configuration
applying wasn't closed/remove after end of usage.

Fix missing setting of kernel_env variable in ryglab target config

Generated configuration is now fully stored to database

Managing configurations in files and in database could cause
inconsistence. Adding all generated configurations to database allow us
to clean project files without loosing data.

Change location for rootfs of tests

Now every test should have its own folder with rootfs and parse script.

Change execute folder for boot

Folder in which novaboot is called is now same as nbscript. Binaries
are linked to this folder from upper folders.

Add etherwake to boot command

Fix relative path to .target file

.target file should load always from root folder of project to ensure,
that all tools in project are targeting same target.

Set configuration back do default and add overlap

Configuration is set back as it was before previous merge on branch
master.

Configurations for targets can be specified by overlapping
configuration options with external config.

Set configuration back do default

Configuration is set back as it was before previous merge on branch
master.

Merge branch 'measuring'

Removing measuring branch. Idea was to make measuring configuration
separate from master. But keeping changes in master and measuring
branch consistent was pain.

Fix configuration generation missing file exception

If generating single throw NoSolution exception, randomly generated CNF
file is removed. But finally statement tries to remove it once again.
Solution is to not remove CNF file in exception handling, but only by
finally statement.

Remove parse_kconfig from test run

Executing parse_kconfig in test run makes no sense and takes to much
time.

Fix wrong path to patch in patch script

Remove duplicate variable in conf.py

This duplication was created probably by merging.

Merge branch 'master' into measuring

Pull generate_single fix.

Fix single_generated_file writeback

measure_list containst ints. But method writelines can only be used with
strings.

Merge branch 'master' into measuring

 Conflicts:
conf.py
scripts/configurations.py

Fix generate single configuration

This fixes and ensures that every call generates configuration. Unless
False is returned.

Fix thread cooperation in loop

Measure function requires img and config as atributes. But only config
was provided.

Fix thread cooperation in loop

Measure function requires img and config as atributes. But only config
was provided.

Implement random generation of configurations

Configuration are generated with random assumptions. This should
generate different configuration for every SAT solver execution.

Implement random generation of configurations

Configuration are generated with random assumptions. This should
generate different configuration for every SAT solver execution.

Catch NoApplicableConfiguration exception in prepare thread

Fix wrong configuration reading from database

Fix bug in configurations loading

Loading configuration load all configuration options as True.

Fix problem with wrongly printed first line in CNF file

Fix if generated existing configuration

When some generator tries to register already generated solution, it
shouldn't be registered.